Olá Pessoal,
Quando você tem no servidor pastas com arquivos .msg e tem que importar para o zimbra, basta ir até a pasta onde estão os arquivos .msg e rodar o comando abaixo como usuário zimbra.
Detalhe: Entre antes na caixa postal via webmail e cria a pasta BKP abaixo do Inbox ou então coloque o caminho de sua preferência.
Abs.